Japeri tem nome indígena: a palavra denominava uma planta semelhante ao junco, que flutuava nos pântanos da região e era chamada de yaperi pelos índios que por ali passavam. Seus primeiros habitantes, no entanto, não foram os índios, mas os bandeirantes paulistas que ocuparam a região no século XVIII. Em 1743 os bandeirantes ali instalados fundaram o povoado de Belém. Posteriormente, o Marquês de São João Marcos promoveu um grande desenvolvimento na região – construiu casas e engenhos de açúcar, ergueu a Igreja do Menino de Deus de Belém, fundou a primeira escola, criou um teatro e, por suas relações com o governo, conseguiu a instalação de uma estação ferroviária no local, inaugurada em 1858. A estação era o ponto terminal do primeiro trecho da Estrada de Ferro D. Pedro II. Belém enfrenta uma longa fase de decadência no fim do século XIX, momento em que toda a Baixada Fluminense sofre com o assoreamento de seus rios e proliferação de insetos e doenças. Em 1952, Belém é integrada ao povoado de Engenheiro Pedreira para formar o distrito de Japeri, vinculado ao município de Nova Iguaçu. As duas localidades tinham suas administrações regionais mas formavam o mesmo distrito, o que logo gerou conflitos. Surgiram movimentos pela emancipação de Japeri, e um plebiscito em 1991 resultou na criação do município. Japeri conta com os distritos de Engenheiro Pedreira, Jaceruba e Rio D’Ouro.
